20世纪末，国家先后启动了“211工程”及“985工程”，很多高校选择通过了高校合并来实现让自身的办学实力快速上升。据《我国高等院校合并的经济分析——以复旦大学与上海医科大学合并为个案》一文的数据统计，自1992年以来，中国教育界共发生了275次高等院校合并新疆理工学院官网，612所高校合并组建为250所，减少近六成。其中2000年发生105次合并，由203所高校合并为79所，堪称“并校高峰年”。
在这场中国高校合并浪潮席卷大江南北之时，医科院校和综合大学的医综合并也成为一股潮流滚滚向前。原卫生部直属的11所医科大学中9所都与其他综合性大学合并，例如同济医科大学现为华中科技大学同济医学院，北京医科大学现为北京大学医学部等等。目前只有北京协和医学院和中国医科大学仍是独立办学。
北京大学=北京大学+北京医科大学。当然是强强联合，教学和招生方面相对独立。
清华大学=清华大学+中央工艺美术学院+中国人民银行研究生院（现“五道口金融学院”）+北京协和医学院。合并大大增强了实力，也使得清华大学成为一所综合类大学。
浙江大学=浙江大学十杭州大学+浙江医科大学+浙江农业大学。浙大合并无疑是成功的，遗憾的是，从此浙江省就只有浙大一所“211工程”大学，省内高校之间差距拉大。
复旦大学=复旦大学+上海医科大学。合并使得复旦大学有了强大的医学类专业。
上海交通大学=上海交通大学十上海第二医科大学+上海农学院十中欧商学院。上海交通大学和上海第二医科大学合并，可谓是实现了强强联合。
武汉大学=武汉大学+湖北医科大学+武汉测绘科技学院+武汉水利电力学院。武汉大学在合并的浪潮中合并了湖北医科大学，另外合并了在各自行业里处于领头羊地位的院校,武汉水利电力学院是当时中国水利电力行业专业最齐全、规模最大、综合能力最强的大学,合并后的武大在各大榜单稳居前十。合并可谓是非常成功。
华中科技大学=华中理工大学+同济医科大学+武汉城市建设学院+科技部干部管理学院，合并后华中科技大学成为一所以工科为主的综合类大学，并且迅速成长为国内“一流大学”,合并效果功不可没。
四川大学=四川大学+华西医科大学+成都科技大学。四川大学合并华西医科大学后，四川大学实现在医学上尤其是口腔方面的领先。
山东大学=山东大学+山东工业大学+山东医科大学。对于山东大学的合并,实力肯定是增强了,但是对于当时山东省最强的综合类、理工类和医药类院校合成一所大学是否值得,众说纷纭。
吉林大学=吉林大学+白求恩医科大学+长春科技大学(东北地质学院) +吉林工业大学+长春邮电学院+解放军军需大学。吉林大学合并的白求恩医科大学是多年的“老牌子”。吉林大学的车辆工程是中国目前仅有的两所完整的汽车学院之一，号称是中国汽车制造业的摇篮，也是长春一汽的后备军，目前拥有3所国家重点实验室。
西安交通大学=西安交通大学+西安医科大学+陕西财经学院。2000年，西安交通大学与原属卫生部的西安医科大学、原属中国人民银行的陕西财经学院合并。合并后,通过学科和队伍的建设与重组，发挥出新的优势。
中南大学=中南工业大学+湖南医科大学(湘雅医学院)十长沙铁道学院长沙工业高等专科学校。中南工业大学特色是矿业类，先后合并了有着“南湘雅，北协和”之称的湖南医科大学(湘雅医学院)和长沙铁道学院。合并后实力爆棚，综合实力跃居全国高校中20名左右，而且特色也不仅仅是冷门的冶金类专业。
中国农业大学=北京农业大学+北京农业工程大学。北京农业工程大学自身实力不弱新疆理工学院官网，两校合并后的中国农业大学成为一所规模更大、学科设置更趋综合化的新型农业大学。
中山大学=中山大学十中山医科大学，强强联合。
东北大学=东北大学+沈阳黄金学院(隶属冶金工业部)。沈阳黄金学院本身规模并不大,对东北大学的助力并不多。
东南大学=东南大学十南京铁道医学院+南京交通高级专科学校十南京地质学校(划归管理)。但四校合并后的东南大学并没有在专业方面获得显著提升,优势专业仍为建筑学、土木工程等。
同济大学=同济大学+上海铁道大学十上海城建学院+上海建材学院+上海航空工业学校（划归管理）。同济大学的合并也没有实力上太明显的提升。
华东师范大学=华东师范大学+上海幼儿师范高级专科学校+上海教育学院+上海第二教育学院+上海市南林师范学校。合并后对华师的影响力没有很大的提升作用。
西北农林科技大学=西北农业大学+西北林学院+中国科学院水利部水土保持研究所+水利部西北水利科学研究所+陕西省农业科学院+陕西省林业科学院+陕西省中国科学院西北植物研究所。合并后的西北农林科技大学在专业研究实力方面没有劣势，在“985”高校中，它的地理位置不占优势,但它在我国农林科研方面具有重要的战略意义。
重庆大学=重庆大学+重庆建筑大学+重庆建筑高等专科学校。合并后的重庆大学在建筑学专业方面拥有强大的实力，快速提升了自身的工科实力，重庆建筑大学是著名的“建筑老八校”之一，建筑学专业至今是重庆大学的招牌之一。
湖南大学=湖南大学+湖南财经学院。湖南财经学院是新中国最早建立的-批高等财经院校之一，合并后的湖南大学拥有了富有特色的经济管理学科,在良好的理工和人文学科的基础上发展成了一所综合性的全国重点大学，极大地提升了实力。
哈尔滨工业大学=哈尔滨工业大学+哈尔滨建筑大学。哈尔滨建筑大学也是“建筑老八校”之一，哈工大完成的这次合并直接补足了自身在土建方面的短板,工科规模实力增长，使其成为工科能和浙江大学和上海交通大学叫板的学校。
国防科技大学=国防科技大学+长沙炮兵学院+长沙政治学院十长沙工程兵学院。国防科技大学本部设在长沙，本身实力强大,合并的助力并不多。
兰州大学=兰州大学十兰州医学院+甘肃省草原生态研究所。草原生态研究所的实力很强，并人兰大后加强了兰大在草业学科方面的优势
南开大学=南开大学十天津对外贸易学院。合并对于南开大学基本没有影响。
苏州大学=苏州大学十苏州蚕桑专科学校+苏州丝绸工学院+苏州医学院+南京铁道职业技术学院。苏州医学院本身实力不错，合并后的苏州大学综合实力有所提升
郑州大学=郑州大学+郑州工业大学+河南医科大学。合并后的郑州大学规模空前扩大,而郑州工业大学与河南医科大学是河南省内重点大学，合并之后带来的专业优势使得郑州大学大大增强了实力。
江南大学=无锡轻工大学十江南学院+无锡教育学院。无锡轻工大学前身是南京工学院(现东南大学)食品工业系，合并后的江南大学在轻工和食品科学与工程两个学科上位于国内首位。
武汉理工大学=武汉工业大学+武汉交通科技大学十武汉汽车工业大学三所大学合并后的武汉理工大学实力大大增强，是一所优势明显的“211”高校。
西南大学=西南师范大学+西南农业大学。合并前的西南师范大学是国家重点大学，而西南农业大学有袁隆平这位著名院士，合并后该校成功入选“211”高校计划,但名气似乎并不显著。
中南财经政法大学=中南财经大学+中南政法学院。我国唯一一所 “财经”与“政法”合二为一的“211”高校 ,但合校后的该校在财经方面的专业实力尚可，政法方面则较为弱势。
长安大学=西安公路交通大学+西安工程学院+西北建筑工程学院。合并后的长安大学在原本的优势学科方面的发展并不如人意。
海南大学=海南大学+华南热带农业大学。华南热带农业大学自身实力较强.两校合并后海南大学的实力有所增长,但合并后的海南省也失去了唯一的一所农业大学。
石河子大学=石河子农学院+石河子医学院+兵团师范专科学校+兵团经济专科学校。合并后石河子大学成为理工农医全面发展的综合性大学。
新疆大学=新疆大学+新疆工学院。新疆工学院历史上本身就并人了新疆大学的三个工科专业，合并组成的新疆大学再次恢复了自身的工科实力。
合肥工业大学=合肥工业大学+安徽工学院。合并后实力增长有限。
上海中医药大学=上海中医药大学+上海医学专科学校。合并效果一般。
北京中医药大学=北京中医药大学+北京针灸骨伤学院。合并后实力有所增强。
河南大学=河南大学+开封医学专科学校+开封师范高等专科学校。医学专科学校的并入,使河南大学得以重开医科，逐渐成为发展全面的综合性大学。
上海大学=上海大学十上海工业大学+上海科技大学+上海科技高等专科学校。合校后上海大学实力增强，发展较好。
山东农业大学=山东农业大学+山东水利专科学校+山东林业学校。合并后的山东农业大学专业更加齐全，学校也一直保持省属院校靠前的位置。
青岛大学=青岛大学+青岛医学院+山东纺织工学院+青岛师专。青岛医学院的前身是山东大学医学院，建于1909 年互联网项目，合校后青岛大学成为一所综合性的高校，在山东省内排名靠前。
山东财经大学=山东经济学院 +山东财政学院。 合校后发展较好，成为省内知名的大学。
济南大学=济南联合大学十山东建筑材料工业学院+济南民政学校+山东省物资学校。山东建筑材料工业学院建校较早，济南大学也是在此基础上组建的,合并后新的济南大学成为所省内重点建设的综合性大学。
